《南北少林》的故事发生在清末，当时朝廷腐败，民不聊生。北少林武僧司马燕（胡坚强 饰）为反抗朝廷暴政，劫了官银，被朝廷派来的高手追杀。南少林武僧智明（李连杰 饰）偶然救下司马燕，两人结为好友。司马燕为躲避朝廷追捕，决定前往南少林。在南少林，司马燕与智明一起练武，共同对抗邪恶势力。然而，他们的行为引起了朝廷的注意，朝廷派出大批高手围剿南北少林。在一场激烈的战斗中，南北少林的武僧们团结一致，奋勇抵抗，最终成功击退了朝廷的军队。但这场战斗也让南北少林遭受了巨大的损失，许多武僧牺牲。司马燕和智明意识到，要想真正改变社会，不能只靠武力，还需要用智慧和勇气去唤醒民众。于是，他们决定离开少林，继续为正义而战。
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