《未来日记》的故事设定在一个奇异的世界，主角天野雪辉是一个孤僻的少年，他习惯用手机记录日常琐事。某天，他发现自己的手机变成了能预知未来的“未来日记”。而与此同时，包括雪辉在内的十二位持有者，被卷入一场残酷的生存游戏，只有最后存活的人才能成为新的“神”。雪辉的日记是记录自己行动的“无差别日记”，这使他在游戏中处于相对劣势。他得到了爱慕他的我妻由乃的保护，由乃的日记是“跟踪日记”，能详细记录雪辉的一切。在游戏过程中，其他持有者为了成为“神”不择手段，不断引发战斗和冲突。由乃为了雪辉更是不惜一切代价，展现出疯狂且偏执的爱。雪辉在这个过程中逐渐成长，从最初的逃避变得勇敢起来，他和由乃搭档应对各种危险。但由乃的过度占有欲也给雪辉带来了困扰，两人之间的关系复杂而纠结。随着游戏的推进，一个个持有者相继死去，最终雪辉和由乃成为了最后的竞争者。在最终对决时，雪辉做出了自己的选择，改变了游戏的走向，也改变了世界的命运。
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